เกษตรอินทรีย์ (organic farming) เป็นเกษตรกรรมแบบหนึ่งซึ่งอาศัยเทคนิคอย่างการปลูกพืชหมุนเวียน ปุ๋ยพืชสด ปุ๋ยคอก และการควบคุมสัตว์รังควานทางชีวภาพ เกษตรอินทรีย์ใช้ปุ๋ยและสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์ (มีสารฆ่าวัชพืช ยาฆ่าแมลงและสารฆ่าเชื้อรา) หากถือว่ามาจากธรรมชาติ (เช่น กระดูกป่นจากสัตว์หรือไพรีทรินจากดอกไม้) แต่ไม่ใช้หรือจำกัดการใช้อย่างยิ่งซึ่งวิธีการต่าง ๆ (รวมปุ๋ยและสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์ปิโตรเคมีสังเคราะห์ ตัวเร่งการเติบโตของพืช เช่น ฮอร์โมน การใช้ยาปฏิชีวนะในปศุสัตว์ สิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม กากสิ่งปฏิกูลของมนุษย์ และวัสดุนาโน) โดยแสวงเป้าหมายซึ่งมีความยั่งยืน ความเปิดเผย การไม่พึ่งพา สุขภาพและความปลอดภัย
วิธีการเกษตรอินทรีย์มีการกำกับระหว่างประเทศและหลายประเทศบังคับใช้กฎหมาย โดยยึดมาตรฐานที่สหพันธ์ขบวนการเกษตรอินทรีย์ระหว่างประเทศ (IFOAM) ตั้งขึ้นเป็นหลัก IFOAM เป็นองค์การครอบคลุมระหว่างประเทศขององค์การเกษตรอินทรีย์ที่ตั้งในปี 2515
เกษตรอินทรีย์ ใช้หลักการสร้างความหลากหลายทางชีวภาพในระบบนิเวศเกษตรให้เกิดการผสมผสานเกื้อกูลซึ่งกันและกันอย่างเป็นองค์รวม มีการหมุนเวียนใช้ทรัพยากรในไร่นาให้เกิดประโยชน์สูงสุดหลีกเลี่ยงการใช้ปัจจัยการผลิตจากภายนอกระบบนิเวศเกษตร (ยกเว้นกรณีจำเป็น) ใช้ปัจจัยการผลิตที่เป็นชีวภัณฑ์ และสารอินทรีย์ที่ได้จากสิ่งมีชีวิต รวมทั้งสารอินทรีย์ที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติ ปฏิเสธการใช้ปัจจัยที่เป็นสารเคมีสังเคราะห์รวมทั้งพันธุ์ที่ผ่านการปรับเปลี่ยนทางพันธุกรรม (GMO=Genetic Modified Organisms) โดยปัจจัยการผลิตเกษตรอินทรีย์ ใช้หลักการ ดังนี้
1. ใช้หลักและแนวคิดการเกษตรแบบองค์รวม ในระบบนิเวศเกษตรที่มี พืช สัตว์ ประมง ป่าไม้ ดิน น้ำ สังคมและเศรษฐกิจ ที่มีปฏิสัมพันธ์เชื่อมโยงซึ่งกันและกันอย่างมีบูรณาการโดยให้ความสำคัญของภูมิปัญญาท้องถิ่นผสมผสานกับเทคโนโลยีทันสมัย
2. เน้นการผสมผสานให้เกิดความหลากหลายเกื้อกูลซึ่งกันและกันระหว่าง พืช สัตว์ ประมง ป่าไม้ ในระบบไร่นาสวนผสมวนเกษตร และเกษตรทฤษฏีใหม่ตามแนวพระราชดำริ
3. ใช้พันธุ์ที่คัดเลือกให้เหมาะสมกับสภาพท้องถิ่นที่แตกต่างกันปฏิเสธการใช้พันธุ์ที่มีการตัดต่อทางพันธุกรรม (GMO)
4. เน้นการใช้ปัจจัยการผลิตที่เกิดจากการหมุนเวียนใช้ทรัพยากร ที่มีอยู่ในฟาร์มและในท้องถิ่นให้เกิดประโยชน์สูงสุดรวมทั้งเน้นการใช้เทคโนโลยีชีวภาพ ซึ่งได้ผลผลิตที่ปลอดภัยต่อผู้บริโภคและลดต้นทุนการผลิต
5. เน้นการใช้แรงงานคน สัตว์ และเครื่องทุ่นแรงขนาดเล็กที่ประหยัดพลังงานรวมทั้งการใช้หลักการธรรมชาติในการจัดการศัตรูพืช การปรับปรุงดิน ฯลฯ เพื่อลดต้นทุนการผลิตและอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
6. มีเป้าหมายการผลิตเพื่อความปลอดภัยต่อผู้ผลิตและผู้บริโภค การรักษาสิ่งแวดล้อม และความยั่งยืน
จุลินทรีย์ด้านอุตสาหกรรมและสิ่งแวดล้อม
ในปัจจุบันนิยมนำจุลินทรีย์มาช่วยรักษาสิ่งแวดล้อมให้สะอาด โดยเฉพาะในโรงงานอุตสาหกรรมที่มีการปนเปื้อนของสารพิษเหล่านี้อยู่ ทั้งที่ปนเปื้อนในแหล่งน้ำและในดิน เช่น การนำจุลินทรีย์มาบำบัดสารมลพิษที่ย่อยสลายยาก ทั้งที่เป็นสารอินทรีย์และสารอนินทรีย์โดยจุลินทรีย์เหล่านี้ จะย่อยสลายสารมลพิษเหล่านี้ให้มีความเป็นพิษน้อยลงหรือย่อยจนสารพิษนั้นหมดไป ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับความเป็นพิษของสารนั้นและชนิดของจุลินทรีย์ที่นำมาบำบัด
ตัวอย่างจุลินทรีย์ที่ใช้ในกำจัดของเสีย
ในปัจจุบันมีการพัฒนาทางด้านเทคโนโลยีต่างๆ มากมายก่อให้เกิดสารพิษตกค้างพวกโลหะหนักหรือสาร อินทรีย์ในสิ่งแวดล้อม จุลินทรีย์บางพวกสามารถย่อยสลายหรือทำให้สารพิษเสื่อมสภาพ จึงมีการนำจุลินทรีย์มาย่อยสลายสารอินทรีย์ที่สะสมอยู่โดยเปลี่ยนเป็นก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์หรือมีเทน ที่นำไปใช้เป็นพลังงานได้ คราบน้ำมันในทะเลทำให้สิ่งมีชีวิตในน้ำขึ้นมาหายใจไม่ได้ มีแบคทีเรียหลายชนิดสามารถย่อยคราบน้ำมันหรือทำให้คราบน้ำมันแตกออกเป็นหยดเล็กๆจมลงสู่ก้นทะเลได้